Le tronçon de la Gartempe inscirt dans le périmètre Natura 2000 correspond à sa dernière partie torrentueuse. Après Saulgé, la rivière coule dans une vallée plus largement ouverte et s'assagit.
Deux habitats sont rattachés à l'écosystème rivière :
- Les Végétations flottantes de renoncules des rivières de plaines qui présentent des herbiers fragmentaires assez pauvres en espèces: Renoncule pseudo flottante, Callitriche à crochets et Myriophylle en épi.
- Les Forêts alluviales à aulnes et frênes sous type des rives (habitat prioritaire)
Mais l'entité rivière porte tout son intérêt en tant qu'habitat pour des espèces à très grande valeur patrimoniale telles que la Loutre, le Saumon, la Lamproie marine ou le Castor.
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D'un point de vue botanique, de nombreuses espèces patrimoniales occupent les berges de la Gartempe: la très majestueuse Osmonde royale, la Gratiole officinale ou encore la Véronique des montagnes.
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