Le bassin versant du Salleron est d'environ 22 000 ha, recoupant au sud le socle ancien granitique de la montagne limousine et s'achevant au nord dans les couches jurassiques de la bordure sud du Bassin parisien. Ce cours d'eau reçoit les apports d'une douzaine d'affluents surtout temporaires et de la Jugière (à Saint-Léomer) vers l'aval. Il est alimenté par des sources plus ou moins importantes, certaines étant bien identifiées et plus ou moins aménagées (Font Longue, Fontaines de Bessac, Font aux Vieilles etc.). Le site de la Vallée du Salleron héberge 9 habitats et 25 espèces d’intérêt communautaire (DOCOB).
Les caractéristiques hydrologiques de la rivière et de ses affluents ont donc conduit à retenir dans le site Natura 2000, les secteurs potentiellement les plus favorables aux espèces et habitats d'intérêt communautaire suivant :
Les habitats
Les milieux aquatiques et associés
Les espèces
